本所創立於民國九十一年，依研究方向共分為三組招收碩士班學生，分別為基礎口腔醫學組(基礎組)、臨床口腔醫學組(臨床組)與醫療器材組(醫材組)。碩士班課程設計在核心（必修）課程的安排上，特別著重研究方法之訓練和基本知識之傳授；在結構上，以口腔基礎醫學為經，以臨床牙醫學、分子生物學、組織工程、生物力學及生醫材料等科學為緯，安排循序漸進的碩士班課程，以養成口腔醫學基礎與臨床之研發人才。除本所專業課程外，醫學院有許多共同科目提供選修，例如生物統計、儀器分析等。臨床組學生則須在附設醫院牙醫部實習，實習內容則依研究題目而定，目前就讀研究生分別在口腔顎面外科、齒顎矯正科、牙體復形科等科別實習。牙科材料暨力學組學生則可到工學院選修生物力學、醫學影像等專業課程。此外，本所老師於暑假期間在生物科技中心開授有關生物科技、奈米醫學與組織工程方面講授及實驗課程，學生可依興趣與研究上需求選修上述課程。